La historia es la continuación directa de la entrega anterior. Desmond y sus compañeros, localizan y llegan a la bóveda central, lugar que Júpiter mostró a Desmond durante su coma; entran en una cripta que lleva mucho tiempo cerrada, el "Gran Templo", elegido por la primera civilización como almacén para guardar sus conocimientos. Poco después de su llegada, aparece Juno para mostrar a Desmond momentos de la vida de un nuevo antepasado, Haytham Kenway.
En 1754, Haytham Kenway entra en el Teatro Real de Londres en la representación de la ópera del mendigo. Allí asesina a un hombre y le roba un amuleto. Reginald Birch, un hombre londinense y amigo de Haytham, descubre que "El Gran Templo" de "Los que vinieron antes" está en el Estado de Boston, así que envía a Haytham a las trece colonias, con una lista de hombres para que le ayuden.
